Новый стимул к национальной самоорганизации российские армяне получили с началом карабахского движения.
13 марта 1988 года одновременно с мощными еженедельными митингами у церкви "Сурб Арутюн" возникла первая организация комитет "Карабах". Его активистами были Корюн Нагапетян, Манук Шамиров, Рубен Геворгян.
Потом стали один за другим создаваться различные общества:
По инициативе ряда московских армян и церковнослужителей начался процесс объединения мелких организаций в крупную общинную структуру, что привело к созданию 29 июня 1989 года Московского городского культурного общества "Мако", которое было зарегистрировано несколько раньше - 20 июня (учредительный съезд прошел после официальной регистрации). Председателем Совета был Арам Симонян, председателем Правления - Ваган Эмин. В сентябре 1989 года (к очередному съезду АОД) общество выпустило первый номер ежемесячной газеты "Армянский вестник" на двух языках. 13 июня 1990 года МАКО раскололось на Совет и Правление, в результате чего некоторое время в Москве выходили две конкурирующие газеты "Армянский вестник".
30 ноября 1991 года в Парламентском центре на Цветном бульваре состоялось учредительное собрание "Московской армянской общины". Председателем Совета был избран Рубен Мелконян, председателем Правления Гегам Халатян. 25 июня 1992 года в общине произошел раскол: часть общинников покинула организацию и создала новую -Армянскую общину Москвы, зарегистрированную 16 февраля 1993 года. Председателем Совета стал Самвел Григорьян, председателем Правления Гегам Халатян.
Создание «Союза Армян России»
Осенью 1999 года в Ереване, по инициативе руководства Республики Армения, состоялся Первый съезд «Армения – Диаспора». Именно это событие у многих членов российской армянской делегации, принимавших участие в его работе, сформировало идею создания общероссийской армянской организации в России.. У отдельных представителей и групп российской армянской общины она возникала и до этого форума. Лидером одной из групп являлся известный российский предприниматель, президент ЗАО «Согласие» Ара Аршавирович Абрамян, который стал главным инициатором и идеологом создания Общероссийской общественной организации «Союз армян России» (САР). Именно ему и его единомышленникам удалось сформировать Инициативную группу, придать идее практическую направленность.
В работе съезда приняли участие 183 делегата из 44 субъектов Российской Федерации. Президентом Общероссийской общественной организации «Союз армян России» единогласно был избран А.А. Абрамян. Съезд избрал Совет, Правление и Контрольно-ревизионную комиссию организации. В их состав вошли представители научной, творческой интеллигенции всех регионов России, предприниматели, а также представители Армянской Апостольской Церкви. Большую поддержку в создании и становлении Союза армян России оказали Епископ Езрас – Глава Ново-нахичеванской и Российской епархии Армянской Апостольской Церкви и Епископ Мовсес – Глава Епархии юга России Армянской Апостольской Церкви.
Съезд приветствовали президент РФ В.В. Путин, Патриарх Московский и Всея Руси Алексий II, мэр Москвы Ю. Лужков.